تم تطوير نظام متكامل لإدارة عمليات مؤسسة مياه الظبيتين بما يتوافق مع متطلباتها التشغيلية والإدارية، مع التركيز على سهولة الاستخدام وسرعة الأداء. يوفر النظام إدارة متقدمة للصلاحيات، وحماية الحسابات بكلمات مرور خاصة لكل موظف، وإمكانية إنشاء واستعادة النسخ الاحتياطية، بالإضافة إلى التحكم المركزي بأسعار الاستهلاك ومنع التلاعب بها، إلى جانب العديد من المزايا الإدارية والتشغيلية الأخرى.